Sistem Yönetimi Daire Başkanlığının görevi genel olarak Bakanlık uygulamalarınca kullanılan ya da sistemle ilgili her türlü verinin tutulduğu sunucuların izlenmesi, performans ayarlarının yapılması ve konuyla alakalı donanım ihtiyaçlarının değerlendirilmesi olarak tanımlanmaktadır. Daire Başkanlığı bunların dışında, elektronik posta hizmetlerinin ve sanallaştırma altyapısının kurulması ve sürdürülmesinden, veritabanlarının yedeklenmesinden gibi görevleri de yerine getirmektedir. Bakanlık uygulamalarına ve sistemin kendisine ait veriler düzenli olarak yedeklenmekte, beklenmedik bir olay yaşanılması hâlinde söz konusu verinin en az zararla geri getirilmesini sağlayacak önlemler alınmaktadır.